어도비 프리미어 프로는 영상편집 프로그램이고 

어도비 애프터 이펙트는 영상편집보다는 편집된 영상에 효과를 주거나 짧은 타이틀 영상 같은 것들을 제작할 수 있습니다.

물론 애프터이펙트에서도 간단한 영상편집을 할 수 있습니다.

좀더 구조적으로 들어가서 이야기하자면

프리미어 프로는 트랙 개념이고 

애프터 이펙트는 레이어 개념입니다.

트랙의 경우에는 한 트랙에서 여러 개의 영상클립을 자르고 붙이기를 해서 편집을 할 수 있지만..

레이어에서는 하나의 클립이 하나의 레이어가 되기 때문에 편집만을 하고자 한다면 프리미어가 좀더 유리하고 편하다는 것입니다. 

그렇기 때문에 방송이나 영화처럼 긴 영상을 만들때 편집은 프리미어 프로같은 영상 편집 프로그램으로 하고 중간중간 효과를 애프터 이펙트로 만들어 넣고 최종적인 아웃풋은 프리미어 프로에서 뽑게 되는 것입니다.

그리고 오브젝트에서 효과를 조정하고 애니메이션을 주고자할 때 애프터이펙트에서는 레이어에서 바로 속성을 열어서 값을 변경하고 조정할 수 있지만 프리미어 프로에서는 이펙트 컨트롤 창(애프터이펙트에도 에서만 조절이 가능하기 때문에 이런 부분은 애프터 이펙트가 유리합니다.

거기에 애프터이펙트에는 마스크, 트래킹, 쉐입 레이어등의 좀더 다양한 기능을 제공해 영상에 필요한 효과를 만들어 내는 좀 더 유용하고 기본 플러그인 외에도 활용할 수 있는 외부플러그인이 많기 때문에(프리미어는 그러한 기능을 제공하지 않기 때문에 애프터이펙트와 같은 외부 플러그인도 개발되지 않는 것입니다.) 제작자가 표현하고자 하는 그래픽 효과를 표현하기에 애프터 이펙트가 유리합니다.